La historia se desarrolla en Neo-Tokio, una ciudad reconstruida en el año 2019, tras sufrir los devastadores efectos de una explosión nuclear que desencadena la tercera guerra mundial. El gobierno ejerce un control represivo sobre la ciudad y experimenta sobre unos niños con poderes psíquicos, aplicándole fármacos para potenciar sus poderes, estos contribuyen con predicciones para mantener la paz. Kaneda y Tetsuo son miembros de una pandilla de motociclistas llamada "the capsules" que tienen entre otras aficiones participar en peleas callejeras contra otras bandas, enfrentándose continuamente contra otra pandilla llamada "the clowns" montados sobre potentes motos. En una de estas peleas, Tetsuo sufre un accidente causado por un extraño niño. A partir de ese accidente, Tetsuo no vuelve a ser el mismo, El gobierno lo secuestra, empieza a experimentar con él y éste empieza a desarrollar poderes psíquicos. Por otro lado, se encuentran Kay y Ryu, miembros de la resistencia y dirigidos por su jefe Nezu, estos intentan averiguar qué ocurre en las instalaciones del ejército situadas en la zona cero, lugar donde exploto la bomba nuclear que destruyo la antigua ciudad. En este lugar es donde se encuentran Kiyoko, Takashi y Masaru, niños de extraña apariencia y poseedores de estos poderes psíquicos, sin olvidar a Akira que desarrollo tanto su poder que tuvo que ser congelado en tubos para su conservación.
Producto de los experimentos del gobierno Tetsuo empieza a sufrir alucinaciones y desarrolla poderes paranormales más allá de todo lo conocido. Esto lo lleva a creerse un dios y a enfrentarse al ejército mismo en su búsqueda personal de Akira. Luego la lucha por controlar el poder que tanto anheló se desata y lo lleva por el camino de la autodestrucción. Por otro lado Kaneda, líder de su pandilla, se relaciona con Kay, de la cual termina enamorándose y se enfrenta con Tetsuo, del cual había sido sobreprotector. Éste último desarrolla un sentimiento de inferioridad y odio hacia Kaneda que se ve potenciado por sus nuevos poderes. A todo esto surgen sectas y grupos que adoran a Akira y toman a Tetsuo como el nuevo salvador que sacara a Neo-Tokio del caos y la opresión.
